Điều kiện nhiệt độ và độ ẩm bên trong nhà yến là điều kiện yêu thích của rất nhiều loài động vật.

1. Mạt, kiến, gián

Đây là những loài vật tuy nhỏ nhưng với số lượng lớn sẽ gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến bầy đàn mới. Chúng đặc biệt tấn công chim non gây bị thương, hoặc rơi khỏi tổ vì bị quấy rầy.

2. Tắc kè, rắn, chuột

Với khả năng trườn, bò tốt, các loài động vật như tắc kè, rắn, chuột có thể xâm nhập vào nhà yến qua lỗ thông, cửa ra vào hoặc cửa miệng hang. Chúng gây hại rất đáng kể với nhà yến, đặc biệt là các nhà yến mới xây dựng đang trong quá trình phát triển bầy đàn. Nguyên nhân là vì trứng, chim non cũng như chim trưởng thành chính là nguồn thức ăn dồi dào cho chúng. Với điều kiện ánh sáng hạn chế bên trong nhà yến, việc tìm kiếm và tiêu diệt các loài động vật này là điều không hề dễ dàng.